Tots els organismes, en arribar a L'Aquàrium de Barcelona, s’han d’aclimatar al seu nou entorn, s’ha de verificar que s'adapten a un nou règim d'alimentació i que presenten una mida adient perquè els altres animals nos se’ls mengin, abans de posar-los al tanc d’exposició. Per això L’Aquarium de Barcelona disposa d’una sala amb 48 tancs que permet tenir-los aïllats. Aquesta estada inicial a la sala de quarantena permet eliminar-los l'estrès ocasionat pel transport, i controlar les possibles malalties i paràsits que poden dur i transmetre a la resta d’animals.
La sala de quarantena també actua com a hospital. Els animals malalts o ferits passen en aquesta estança el període de convalescència, durant el qual se’ls aplica el tractament adequat a cada cas.

Un dels aspectes més destacats de L’Aquàrium és el seu interès per a la reproducció dels seus animals. En aquest sentit, la sala de quarantena té un paper fonamental. Es tracta d’una “sala de maternitat” en què es culmina el procés de reproducció de les diferents espècies que habiten aquesta instal·lació. En petits aquaris es dipositen els ous, i es té cura de les cries fins que reuneixen les condicions necessàries per traslladar-les als aquaris grans.
Des de l’obertura de l’Aquàrium, el 1995, per la sala de quarantena han passat més de 20.000 animals.